Każdego roku poszczególne komórki organizacyjne, w tym kancelarie tajne dokonują przeglądu dokumentacji celem przygotowania akt spraw zakończonych do przekazania do archiwum. Dokumentacja niearchiwalna natomiast, stanowiąca jednocześnie dokumentację niejawną, po upływie okresów przechowywania musi być zniszczona w odpowiedni sposób. W przypadku dokumentacji niejawnej brak uregulowań prawnych powoduje duże trudności zarówno z archiwizacją jak i jej brakowaniem. Kierownik kancelarii tajnej powinien wyznaczyć pracowników, odpowiedzialnych za współpracę z archiwum, polegającą w szczególności na właściwym przygotowaniu i przekazaniu dokumentacji kancelarii tajnej jak również na udziale w pracach komisji oceny dokumentacji. Szczegółowy sposób niszczenia dokumentacji niearchiwalnej zawierającej informacje niejawne powinny określać przepisy wewnętrzne.
